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Une violente réplique de magnitude 6,2 a eu lieu quatre heures après la première secousse, qui s'était produite à une profondeur de 46 kilomètres, à la mi-journée (03H49 GMT).
L'épicentre était sous la mer, entre les îles très peuplées de Negros et de Cebu, à 70 km au nord de la ville de Dumaguete (Negros), selon l'Institut de géophysique américain (USGS). L'épicentre de la réplique était à 35 km sous terre, à 59 km au nord de Dumaguete.
La plupart des décès ont eu lieu sur l'île de Negros, dans l'effondrement de bâtiments dans la ville de Guihulngan. Vingt-neuf personnes sont mortes dans un glissement de terrain, a indiqué un responsable militaire, Francisco Patrimonio.
Le bilan précédent faisait état de 14 morts.
Le centre anti-tsunami pour le Pacifique, basé à Hawaï, a indiqué qu'il n'y avait pas de danger d'un tsunami dévastateur car le séisme a eu lieu dans un bras de mer très étroit qui sépare les îles de Cebu et de Negros.
Le Centre avait toutefois relevé le niveau d'alerte et demandé à la population de Négros de "s'éloigner des plages et de rester attentive" quant au niveau de la mer. L'alerte a été levée quelques heures plus tard.
La secousse a fait s'effondrer quelques bâtiments, endommagé des routes et des ponts et provoqué des coupures d'électricité, sur les deux îles les plus proches de l'épicentre, ont indiqué les autorités.
Des habitants contactés sur place et des sismologues ont indiqué que les gens avaient paniqué.
"Je déjeunais lorsque le sol a tremblé. L'eau a jailli hors des verres et les assiettes se sont cognées les unes aux autres. Plusieurs personnes sont sorties dans la rue en courant, d'autres se sont protégées sous les tables", a raconté à l'AFP au téléphone Pedro Baldomino, étudiant à Cébu.
Beaucoup d'employés ont quitté leur lieu de travail, après qu'une annonce publique diffusée à la radio a mis en garde les habitants contre des risques de répliques.
Des rumeurs relayées par texto téléphoniques annonçant un tsunami sur les côtes de l'île, prisées des amateurs de plongée sous-marine, ont ajouté à la panique.
Selon Benito Ramos, le chef du Bureau de la défense civile, des clients des hôtels sur la côte de Cebu sont montés dans les étages mais le retour à la normale se faisait peu à peu. L'île attire de nombreux touristes étrangers, mais surtout sur la côte ouest, alors que le séisme s'est produit au large de la côte est.
La ville de Cebu est la deuxième cité la plus peuplée des Philippines, avec au moins 2,3 millions d'habitants.
Samedi, un séisme de magnitude 6 avait été enregistré au large de la côte est de l'archipel, près de l'île de Samar (nord-est de Cebu et Negros).
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